История Новосибирского Свято-Макарьевского Православного Богословского института (НСМПБИ) ведёт своё начало с 1995 года.

С января 1995 года протоиерей (тогда протодиакон) Александр Реморов вместе с протоиереем Леонидом Хараимом и протоиереем Андреем Фёдоровым по благословению епископа Новосибирского и Томского Тихона организовал семестровые Высшие Богословские курсы, проходившие при поддержке Сибирской академии государственной службы и собравшие более сотни слушателей.

В феврале 1995 года попечением епископа Новосибирского и Томского Тихона было открыто подготовительное отделение Новосибирского Православного Богословского института с вечерней формой обучения.

Летом 1995 года получено благословение Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II на организацию духовного учебного заведения.

Осенью 1995 года состоялся первый набор на первый курс Богословского института.

В 1996 году открытие Богословского института было официально оформлено, зарегистрирован Устав. Ректором института назначен кандидат богословия протоиерей Александр Реморов.

В 1998 году открыто заочное отделение с обучением по специально разработанной авторской программе для священнослужителей Православной Церкви, не имеющих богословского образования, а также для иногородних. Заведующим был назначен магистр богословия протоиерей Борис Пивоваров.

В том же году был создан молодежный хор при институте. Руководителем хора стал преподаватель Новосибирской государственной консерватории А.Ю. Росляков. Хор регулярно поет на богослужениях в Вознесенском кафедральном соборе и храмах Новосибирска, выступает с концертами, а также участвует в учебном процессе регентского отделения. Общий состав хора - более 50-ти человек. Небесным покровителем хора является преподобный Макарий (Глухарев), знаменитый миссионер, основатель Алтайской Духовной Миссии. В 2005 году был записан и издан компакт-диск «Хвалите имя Господне».

Также в 1998 года при Институте начали действовать годичные курсы звонарей, организованные совместно с храмом Михаила Архангела (настоятель иеромонах Владимир (Соколов)). С 1999 года работает школа звонарей.

В декабре 1999 года было открыто двухгодичное псаломщическое отделение НСМПБИ для подготовки руководителей клиросов и малых хоров в храмах епархии. Заведующей стала выпускница регентского отделения при Ленинградской Духовной Академии Татьяна Ивановна Реморова.

В 2001 году на пастырском и катехизаторском факультетах Богословского института состоялся первый выпуск.

В 2003 году Институт утвержден Учебным комитетом при Священном Синоде в числе духовных учебных заведений Русской Православной Церкви.

В том же году Новосибирской епархии передано подлежавшее восстановлению здание бывшего Гарнизонного дома офицеров в г. Обь для организации духовной семинарии.

В 2004 году по благословению Святейшего Патриарха Московского и Всея Руси Алексия II Новосибирскому Православному Богословскому институту присвоено наименование "Свято-Макарьевский" - в честь святителя Макария (Невского), митрополита Алтайского.

В 2004 году открыто иконописное отделение. Заведующей назначена выпускница Новосибирской государственной архитектурно-художественной академии Елена Владимировна Данишевская.

В 2005 году праздновалось 10-летие Института.

В этом же году был открыт спецфакультатив по изучению жестового языка и религиозных жестов (подробнее об этом см. материал "Душа не может быть глухой").

В 2006 году было начато введение уровневой системы обучения в НСМПБИ. В результате перестроения учебных программ на базе части дисциплин первого года обучения были организованы годичные общедоступные богословские курсы (см. об этом речь ректора НСМПБИ прот. Александра Реморова по случаю выпуска 2007 года "Знания, открывающие дорогу в вечность").

В 2007 ректором НСМПБИ назначен декан вечернего отделения иерей Александр Матрук. В том же году открыто дневное отделение пастырского факультета Института в г. Обь с обучением по программе Духовной семинарии.

В 2008 году в здании Новосибирских Духовных школ в г. Обь был устроен храм во имя святителя Тихона, епископа Воронежского, Задонского чудотворца, который 26 апреля, в Великую Субботу, накануне праздника Святой Пасхи, был освящен малым, а 26 сентября полным чином Высокопреосвященнейшим Архиепископом Тихоном.

Указом Управляющего Новосибирской епархией Архиепископа Новосибирского и Бердского Тихона от 1 апреля 2008 года № 34 за НСМПБИ закреплен приход в честь Покрова Пресвятой Богородицы г. Новосибирска.

19 и 20 мая 2009 года в НСМПБИ работала комиссия из Учебного комитета при Священном Синоде РПЦ в составе: председателя, протоиерея Максима Козлова, профессора МДА, протоиерея Павла Великанова, доцента, секретаря Ученого совета МДАиС, Б.А. Тихомирова, доцента СПбДА.

Определением Священного Синода РПЦ от 27 мая 2009 года дневное отделение пастырского факультета НСМПБИ преобразовано в Новосибирскую православную духовную семинарию, ректором назначен архиепископ Новосибирский и Бердский Тихон (см. интервью с архиепископом Тихоном по случаю первого учебного года в Новосибирской духовной семинарии).

С 2009 года при семинарии открыт cектор заочного обучения.

5 июля 2010 года на совместном заседании Ученого совета НПДС и НСМПБИ принято решение о структурном и организационном единстве Духовных учебных заведений Новосибирской епархии под руководством общего Ректора – Высокопреосвященнейшего Архиепископа Тихона. Кроме этого, согласно рекомендациям Учебного комитета Русской Православной Церкви в НПДС начат переход на четырёхгодичную программу обучения (бакалавриат) с перспективой открытия магистратуры, а также организован подготовительный курс семинарии.

В октябре 2010 года регентское и иконописное отделения НСМПБИ объединены в факультет церковных искусств.